यस महाशाखाभित्र 5 वटा शाखाहरु रहेका छन् । 

क. भौगर्भिक नक्साङ्कन शाखा

ख. रिमोट सेन्सिङ तथा जियोलोजिकल डाटा सेन्टर

ग. इन्जिनियरिङ भूगर्भ शाखा

घ. पहिरो अनुसन्धान शाखा

ङ. भू-भौतिक तथा भू-रसायनिक शाखा